在合作项目收入分成的开票问题上，我们需要先了解几个关键的法律概念。首先是“发票”，简单来说，发票就是在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证，它是一种重要的财务和税务凭证。
根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票。
对于合作项目收入分成开票，一般有以下几种常见情况。如果合作各方是以各自名义对外开展业务并承担相应责任，那么通常按照各自实际取得的分成收入金额，分别向付款方开具发票。例如，A和B合作一个项目，收入100万，约定A分60万，B分40万，那么A就开60万的发票给付款方，B开40万的发票给付款方。
要是合作各方共同以一个主体名义对外开展业务，可能由这个主体统一向付款方开具发票，然后内部再按照分成协议进行结算。比如甲乙丙三方合作，以甲的名义与客户签订合同并收款，甲收到款项后，再按照约定比例分给乙和丙。此时甲先全额开具发票给客户，然后乙和丙给甲提供相应的成本发票或者甲按照相关规定代扣代缴乙丙的税费。
在开票流程上，首先要确认开票信息，包括付款方的名称、纳税人识别号、地址、电话等。然后根据业务内容选择合适的发票类型，常见的有增值税专用发票和增值税普通发票。开具发票后，要妥善保管好发票存根联和记账联等相关联次。同时，要按照规定的时间和方式进行纳税申报，将开票收入如实计入应税销售额。